Jest rok 2047. Ziemia przetrwała dwie wielkie wojny XXI wieku, ale ugięła się ekspansji Tiberium – pochodzącej z kosmosu substancji, od kilkudziesięciu lat systematycznie rozprzestrzeniającej się po całej planecie. Siły GDI (Global Defensive Initiative), które dwukrotnie powstrzymały terrorystyczną organizację Brotherhood of Nod, po raz kolejny zostały wyzwane na pojedynek.

Zagrożenie jest realne, gdyż Kane – szalony i równie bezwzględny przywódca Bractwa – ma zamiar wykorzystać Tiberium do podbicia świata. Command & Conquer 3: Tiberium Wars to gra wojenna, która powraca do korzeni – dosłownie i w przenośni. Zmagania dotyczą wojny o Tiberium pomiędzy terrorystami z Bractwa Nod a militarną organizacją GDI – zupełnie jak w pamiętnym pierwowzorze z 1995 roku. Jak na klasyczną strategię czasu rzeczywistego przystało, mamy tu do czynienia z szybkim zarządzeniem jednostek na polu bitwy, rozbudową zaplecza i wydobyciem surowca, wspomnianej już wyżej zielonej rośliny.