Commandos 3 to kolejna odsłona taktycznej strategii osadzonej w realiach II Wojny Światowej. W ponad 20 misjach, podzielonych na cztery kampanie (Londyn – kampania treningowa, Normandia, Francja i Niemcy, Stalingrad) do wykonania czekają najróżniejsze misje – zarówno znane z poprzednich części zadania typu „znajdź i zniszcz” jak i zupełnie nowe, tj. obrona alianckiego generała przed nalotem spadochroniarzy, napad na niemiecki konwój, zorganizowanie ataku wraz z francuskim ruchem oporu na niemiecki garnizon czy zdobycie pociągu pełnego nazistów podczas jego drogi z Francji do Niemiec.

Zupełnej zmianie uległa struktura misji, teraz mapy podzielone są na mniejsze kawałki i dopiero po przejściu jednego dostajemy się na drugi. Twórcy mówią, iż w trzeciej odsłonie jest znacznie więcej akcji w porównaniu z poprzednimi, a kolejne zadania wymagają od gracza coraz to nowych pomysłów i sposobów. Zmianom poddano także A.I. odpowiadające za reakcje naszych przeciwników.