Twórcy Patapon 3 wykorzystali doświadczenia zebrane w trakcie prac nad dwiema wcześniejszymi odsłonami serii oraz uwagi i sugestie nadesłane przez tysiące graczy. Dzięki temu gra została znacznie rozbudowana, choć sama rozgrywka, bazująca na połączeniu poczucia rytmu z umiejętnością taktycznego myślenia, pozostała intuicyjnie prosta. Fabuła Patapon 3 rozpoczyna się w miejscu, w którym kończyły się wydarzenia przedstawione w drugiej części serii. Po przekroczeniu mostu, przez który plemię opuściło krainę Kameponów (miejsce akcji Patapon 2), na drodze sympatycznych stworków pojawia się tajemnicza skrzynka. Ciekawskie Patapony decydują się sprawdzić, co kryje się w jej wnętrzu. Niestety, w tym momencie uwalniają siedem złych duchów, które przemieniają plemię w kamień.