Tom Clancy's Ghost Recon: Advanced Warfighter 2 jest drugą częścią mini-serii, funkcjonującej w ramach popularnego cyklu taktycznych gier akcji, traktującego o dowodzeniu elitarnym oddziałem żołnierzy, zwanych "Duchami". Początek warstwy fabularnej omawianej gry następuje niedługo po wydarzeniach, przedstawionych w pierwszej odsłonie GRAW.

Trafiamy więc w samo serce hipotetycznego konfliktu granicznego z 2014 roku pomiędzy Stanami Zjednoczonymi a Meksykiem. W tym ostatnim kraju panuje wojna domowa z udziałem sił lojalistycznych i rebeliantów, którzy zagrażają również północnemu sąsiadowi ojczyzny tequili. Kapitan Scott Mitchell wraz ze swoimi podkomendnymi ląduje więc najpierw w rejonie meksykańskiego miasta Ciudad Juarez, aby w późniejszych misjach bronić bezpieczeństwa USA na lewym brzegu Rio Grande w teksańskim El Paso.

Twórcy Tom Clancy's Ghost Recon: Advanced Warfighter 2 postanowili ponownie zaprezentować graczom, jak mogą wyglądać i działać żołnierze w niezbyt odległej przyszłości. "Duchy" dysponują więc supernowoczesną bronią i mnóstwem innego prototypowego wyposażenia (m.in. specjalne mundury polowe typu ACU, latająca sonda, znana z pierwszej części UAV i mobilny pojazd zaopatrzeniowy Mule). Ponadto w niektórych misjach dodatkowe wsparcie oferuje np. latający robot rozpoznawczy, silnie opancerzony czołg M1A2 Abrams i wyposażony w rakiety śmigłowiec AH-64D Apache.