Prototype to gra akcji dziejąca się w otwartym świecie przypominającym serię Grand Theft Auto. Wcielamy się w bohatera posiadającego nadnaturalne zdolności, którego zadaniem jest odkryć własną tożsamość i uratować wyspę Manhattan przed straszliwym wirusem. Produkcja została opracowana przez firmę Radical Entertainment.

W grze wcielimy się w tytułowy prototyp, obdarzonego przez genetyczne eksperymenty nadnaturalnymi zdolnościami człowieka – Aleksa Mercera. Zmiany poczynione w jego genomie doprowadziły do tego, że posiada on zadziwiającą zdolność transformacji własnego ciała. Dzięki temu może przyjmować wygląd napotkanych ludzi. Mało tego, potrafi również przejmować ich wspomnienia i umiejętności. Na tym jednak nie koniec jego mocy. W trakcie starcia może bowiem w ten sposób zmodyfikować swoje ciało, by stało się potężną maszyną do zabijania. Wykształcenie ogromnych szponów czy przyjęcie postaci ogromnego monstrum nie stanowi dla niego większego problemu.