Prince of Persia: Dwa Trony to gra akcji typu TPP ze znanej serii opowiadającej o księciu Persji i jego przygodach. Akcja gry toczy się, gdy książę wraca z Wyspy Czasu wraz ze swoją ukochaną. Jednak rodzinne strony ogarnięte są chaosem wojny. Całe królestwo obraca się przeciw bohaterowi. Książę zostaje pojmany, ale uwalnia go Kaileena wykorzystując Piaski Czasu. Postać trafia na ulice miasta i musi uciekać przed pościgiem. Ponadto okazuje się, że wcześniejsze przygody księcia stworzyły jego mroczne odbicie, ducha, które chce zawładnąć bohaterem.

W trakcie rozgrywki użytkownik kieruje dwoma postaciami: Księciem oraz jego mroczną wersją, każdy z nich posiada inne zdolności, broń i styl walki. Akcja toczy się na wąskich uliczkach, balkonach, dachach oraz we wnętrzach rozmaitych budynków lub podziemi. Sama walka jest bardzo dynamiczna i umożliwia eliminację wrogów na liczne sposoby. Istotnym elementem są również Piaski Czasu pozwalające kontrolować upływ czasu. Program zawiera również pewną liczbę niebyt skomplikowanych zagadek.